PDCseq病原宏基因组检测每周案例

时间:2021-7-31 11:14:50 来源:化脓性关节炎

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年9月30日

肺炎链球菌呼吸科

男性患者,65岁,因“咳嗽”入院。进行血常规检测,WBC6.07*10^9/L,淋巴细胞12.00%,中性粒细胞78.9%,血沉22.00mm/h,CRP34.90mg/L,PCT0.20μg/L。前期诊断为咳嗽原因待查。

PDC-seq?从患者的肺泡灌洗液样本中检测出肺炎链球菌(Streptococcuspneumoniae)

肺炎链球菌是革兰阳性球菌,常定植于健康人群的咽喉和鼻咽部,可以直接播散到临近黏膜组织,引起感染,如中耳炎、鼻窦炎和肺炎;也有少部分细菌侵入黏膜到达血流引起侵袭性感染,如菌血症、脑膜炎、化脓性关节炎和骨髓炎等。肺炎链球菌的主要致病物质为荚膜多糖和溶血素。根据荚膜多糖的抗原性,丹麦Lund分类法将肺炎链球菌分为90多个血清型,其中11种常见的血清型与75%以上的肺炎链球菌疾病相关。

年10月1日

长奈瑟氏球菌呼吸科

男性患者,62岁,因“咳嗽、咳痰半月,发热6天”入院。进行血常规检测,WBC10.91*10^9/L。前期诊断为肺部阴影(IgG4相关性肺炎?),近期使用哌拉西林他唑巴坦进行治疗。

PDC-seq?从患者的肺泡灌洗液样本中检测出长奈瑟氏球菌(Neisseriaelongata)。

长奈瑟氏球菌:是一种革兰氏阴性菌,咽部共生细菌菌群的组成部分,通常被认为是不致病的,但偶尔会引起严重的感染,包括菌血症、感染性关节炎、骨髓炎和感染性心内膜炎。

年10月2日

鹦鹉热衣原体

女性患者,31岁,因“咳嗽18天,发热1天,腰疼7天”入院。进行血常规检测,WBC7.65*10^9/L,淋巴细胞9.6*10^9/L,中性粒细胞87.2%,CRP.89mg/L,PCT0.μg/L。前期诊断为重症肺炎,ARDS,I型呼衰2.G2P1,宫内妊娠31周,单活胎3.右肾结石并肾积水4.胸腔积液5.地中海贫血。近期使用哌拉西林他唑巴坦和阿奇霉素药物进行治疗。

PDC-seq?从患者的肺泡灌洗液样本中检测出鹦鹉热衣原体(Chlamydiapsittaci)。

鹦鹉热衣原体:人类感染主要是由排菌鸟及其污染物引起,是典型的动物源性传染病。一般症状颇似感冒,但多数患者都出现肺炎,表现为高热、恶寒、头痛肌痛、咳嗽和肺部浸润性病变等特征。鹦鹉热衣原体是社区获得性肺炎病原体之一,但是发病率比较低。鹦鹉热衣原体肺炎的临床症状及X线表现均无特异性,不能与肺炎衣原体肺炎相鉴别,常规病原学检查阳性率亦不高(20%左右)。

年10月3日

流感嗜血杆菌+惠普尔养障体呼吸科

男性患者,67岁,因“咳嗽、咳痰,痰中带血丝”入院。进行血常规检测,WBC3.85*10^9/L。前期诊断为肺炎。

PDC-seq?从患者的肺泡灌洗液样本中检测出流感嗜血杆菌(Haemophilusinfluenzae)和惠普尔养障体(Tropherymawhipplei)。

流感嗜血杆菌:是一种革兰氏阴性菌,大部分为条件致病菌,可导致肺部感染、菌血病症、急性细菌性脑膜炎、蜂窝组织炎、骨髓炎及关节感染等。

惠普尔养障体:该菌是一种革兰阳性杆菌,需氧菌,属放线菌门养障体属,是外界环境中普遍存在的人类共生菌,可能通过粪口途径传播,是惠普尔病的病原体。惠普尔病是一种少见、慢性、复发性,累及多系统的全身感染性疾病,由美国病理学家GeorgeHaytwhiple在年首次报道。该病临床表现多种多样且无特异性,疾病早期出现感染症状,包括发热、咳嗽、关节炎和关节痛,晚期出现特征性腹泻,体重下降、肝脾肿大、腹水等;还会累及其它脏器,尤其心脏、中枢神经系统及眼部。

年10月4日

多噬伯克霍尔德菌+嗜麦芽糖寡养单胞菌

+光滑假丝酵母

男性患者,78岁,因“反复发热,呼吸急促,心率增快”入院。进行血常规+CRP:WBC5.43*10^9/L,淋巴细胞6.7*10^9/L,中性粒细胞87.1%,PCT7.97μg/L;痰培养:洋葱伯克霍尔德菌和嗜麦芽寡养单胞菌。前期诊断为脓毒症,ARDS,重症肺炎,急性化脓性胆管炎,胆囊炎,急性肾损伤。近期使用舒普深和伏立康唑药物进行治疗。

PDC-seq?从患者的肺泡灌洗液样本中检测出多噬伯克霍尔德菌(Burkholderiamultivorans)、嗜麦芽糖寡养单胞菌(Stenotrophomonasmaltophilia)、光滑假丝酵母(Candidaglabrata)。

多噬伯克霍尔德菌:该菌是革兰阴性细菌,广泛存在于水,土壤,植物和人体中,医院内感染重要的条件致病菌,近年来感染率呈上升趋势,在重症监护病房的分离率较高,主要会引起免疫低下患者的败血症、心内膜炎、肺炎、伤口感染、脓肿、眼结膜炎等。

嗜麦芽糖寡养单胞菌:为非发酵革兰阴性菌,广泛存在于水,土壤,植物中,也可存在于雾化器、透析液等院内水源或设备,是一种条件致病菌,医院获得性肺炎、菌血症、尿道感染等疾病,且在危重患者中常见多重耐药菌株。

光滑假丝酵母:是念珠菌属的单倍体酵母,是人体粘膜组织的共生体,为条件致病菌,在机体免疫功能缺陷时,可引起炎症类疾病。

年10月5日

肺炎支原体呼吸科

男性患者,50岁。前期诊断为肺癌。

PDC-seq?从患者的肺泡灌洗液样本中肺炎支原体(Mycoplasmapneumoniae)。

肺炎支原体是一种介于细菌和病毒之间的微小非活性生长的微生物,是目前支气管炎、肺炎的重要病原体之一,并可导致血液、神经、消化、泌尿、循环等多系统及皮肤的病变。支原体肺炎是肺炎支原体引起的急性呼吸道感染伴肺炎,约占各种肺炎的10%,在儿童和青少年多发,突出表现为阵发性刺激性咳嗽,除呼吸系统的表现外,支原体肺炎可伴发皮肤损害,胃肠道、血液系统和中枢神经系统症状,严重的支原体肺炎也可导致死亡。

年10月6日

纹带棒状杆菌+脑膜炎败血伊丽莎白菌

男性患者,51岁,因“白细胞持续高”入院。进行血常规检测,WBC17.89*10^9/L,淋巴细胞14.8%,中性粒细胞75.8%;CRP13.81mg/L;PCT0.18μg/L。前期诊断为脑出血,动脉瘤破裂。近期使用美罗培南和替加环素药物治疗。

PDC-seq?从患者的肺泡灌洗液样本中纹带棒状杆菌(Corynebacteriumstriatum)和脑膜炎败血伊丽莎白菌(Elizabethkingiameningoseptica)。

纹带棒状杆菌:该菌是一种革兰氏阳性棒状杆菌,人体皮肤和鼻咽部等黏膜的正常寄生菌,也是条件致病菌,主要引起免疫功能受损,尤其是接受过介入性手术(如:气管插管、使用呼吸机、静脉导管、尿导管等)的长期住院患者的各类感染,包括肺炎、败血症、心内膜炎、骨髓炎等。

脑膜炎败血伊丽莎白菌:是一种革兰氏阴性棒状杆菌,广泛存在于自然界中,在免疫机能受损的成人中会引起肺炎,心内膜炎,术后菌血症和脑膜炎等炎症,在新生儿中常导致脑膜炎。

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